Si tu n'as plus de tables, en effet, je pense qu'une réinstall s'impose !
Si tu avais déjà travaillé sur ton site, tu peux peut être juste essayer de regénérer la base du site en remettant le web.config d'origine et le réexécuter (en n'oubliant pas justement les 2 clés). Ca remettra peut être d'aplomb !? mais sans conviction.
Sinon je pense que les 2 clés s'apparante à un "cryptage". Ce sont des numéros aléatoire générés à la création. Ca permet d'éviter que quelqu'un insert dans la base un utilisateur avec droits d'admin et te bouzille ton site (encore faut-il qu'il accède à la BDD mais bon). Je n'en suis pas totalement sûr, mais si tu ne les récupère pas lors d'un upgrade, tous tes utilisateurs ne peuvent plus se connecter (accès refusé). Ca je sais, ça m'est arrivé ! (vive les sauvegardes!!!)
Dès que tu à une forme de site qui fonctionne, sauve le répertoire du site, et fait une sauvegarde de la BDD (dans SQL manager, clic-droit sur la base, Tache / Sauvegarder). Ca permet de revenir en arrière facilement sans avoir à tout réinstaller ! 
Vincent