Je ne pense pas qu'il y ait un problème avec le fait que ton serveur fasse partie d'un domaine dont l'authentification est faite sur un autre serveur en 2000.

Je n'ai pas non plus le souvenir d'avoir rencontré le même problème que toi.

Je pense que 2 solutions s'offrent à toi s'il s'agit d'un problème d'installation :
- refaire l'install sur ce serveur en espérant que cela fonctionne ce coup-ci
- utiliser la base de données de l'installation qui a fonctionné. Je ne connais pas ton architecture mais soit tu configures le web.config pour pointer sur la base opérationnelle, soit tu restaures une sauvegarde de ta base opérationnelle sur le serveur qui pose problème. Dans les 2 cas, n'oublies pas de recopier les clés d'encryptage stockées dans le web.config de l'installation ok sinon tu ne pourras pas te connecter avec les comptes déjà créés.