Il me semble que Dotnetnuke modifie systématiquement les clés d'encodage du web.config à chaque installation pour éviter que les sites dotnetnuke se retrouvent tous, comme c'était le cas pour beaucoup au début, avec le même couple de clés.
Par ailleurs, quand Dotnetnuke n'arrive pas à accéder à la base (ou plutôt à la structure de la base), il essaie de relancer une installation par dessus pour recréer la structure. Il est donc possible que cette manipulation modifie les machine keys du web.config concerné.