Petite mise à jour sur ce post, juste au cas où qqn d'autre se poserait la même question, j'ai mis le WE à profit pour étudier la question en détail et il faut vraiment une très bonne raison pour utiliser un autre mécanisme d'identification que celui très complet proposé en défaut et maintenu par la communauté.
Dans mon cas, j'ai estimé qu'il serait plus rapide et judicieux de convertir mes tables d'utilistateurs et rôles de leur format propriétaire vers le format DNN.
Il me reste maintenant à tester quelques modules et ou configurations pour voir comment je vais pouvoir éviter de faire se relogger des utilisateurs accédant à partir du portail vers l'application web existante.