Salut,
Ton souci ne vient pas de DNN mais d'Apache.
Son module mod_proxy (que tu utilises, je présume) ne modifies pas les liens contenu dans une page HTML. Or DNN génère ses liens en se basant sur son Url à lui (donc depuis le serveur IIS 6).
Il existe un module pour Apache (mais j'ai oublié son nom), qui permets de mettre en place l'équivalent de mod_proxy mais qui, en plus, permets de corriger les liens contenu dans la page HTML afin de faire référence à ta passerelle...
Avec ceci, je pense que tout devrait être ok.