J'imagine que tu as laissé la chaîne de connexion par défaut pour SQL Server Express :
connectionString="Data Source=.\SQLExpress;Integrated Security=True;User Instance=True;AttachDBFilename=|DataDirectory|Database.mdf;
Par conséquent, il utilise ton instance SQL Server Express pour accéder au fichier de base de données situé dans le répertoire indiqué, à savoir "=|DataDirectory|Database.mdf" et "|DataDirectory|" est une sorte de variable système remplacée par "app_data\".
Dans ce cas, ta base n'est pas réellement gérée par SQL Server Express mais Dotnetnuke utilise SQL Server Express pour y accéder. C'est pour cela qu'elle n'apparait pas au niveau de ton instance quand tu consultes avec SQL Server Management Studio Express.
Si tu veux gérer ta base avec SQL Server Express, il faut que tu arrêtes ton site, attaches ta base de données à ton instance SQL Server Express par Management Studio (après l'avoir déplacée si tu le souhaites), crées un login sql server sur ton instance Express, modifies le web.config pour utiliser les chaînes de connexion SQL Server classiques (attention : l'instance se nomme ./SQLEXPRESS et non (local) ).